猪链球菌GZ1基因组密码子使用分析

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以猪链球菌GZ1为研究对象,利用Codon W在线工具、对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等方法研究其基因组的密码子使用情况及影响因素。猪链球菌GZ1基因组中GC含量为41.4%,偏爱使用以U或A结尾的密码子,其密码子使用具有一定的偏好性。对应分析表明,第1条向量轴与CAI(R=-0.749,P〈0.01)、G+C(R=-0.216,P〈0.01)呈显著相关,表明基因的表达水平是影响其密码子使用偏好的主要因素,碱基组成对猪链球菌GZ1基因组水平上密码子使用偏好有一定的影响。此外,芳香族蛋白质也对其密码
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