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丹巴磨子沟金矿区的地质构造总体是以热穹窿所形成铜炉房背斜为主，核部主要为一套成矿的炭质千枚岩层。岩浆岩、变质变形带及构造联合控制矿体的形成，区内顺层韧性剪切高应力带与破碎带广泛发育。主要储矿构造是在一组雁列式排布的北东南西向构造及近东西向发育的次级断裂，以矿化石英脉的形式展布。由于炭质千枚岩层对金有吸附作用，矿化石英脉中所带的矿化热液在通过炭质千枚岩层时，致使金滞留富集，而形成囊状、透镜状、似层状金矿体。本区的赋矿岩石、矿化形成阶段、矿物组合及元素组成，均可与穆龙套型金矿床进行对比，具有了穆龙套金矿典型地