【摘 要】
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目的 应用生物信息学方法分析与胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)生物学行为密切相关的关键(HUB)基因.方法 在基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取GBM相关
【机 构】
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解放军总医院第三医学中心神经肿瘤外科,北京 ,100039
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目的 应用生物信息学方法分析与胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)生物学行为密切相关的关键(HUB)基因.方法 在基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取GBM相关芯片数据,并利用R语言分析GBM组织与正常脑组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行功能富集和注释;利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),分析HUB基因;利用TCGA数据库分析HUB基因对胶质瘤患者预后的影响.结果 共鉴定出628个差异表达基因,其中87个为上调基因,541个为下调基因.生物学过程主要富集在神经递质分泌、胞外分泌的监管、化学突触传递等方面.通过不同算法的比较,最终得到19个HUB基因,HUB基因主要富集的信号通路包括逆行神经的信号通路、突触囊泡循环通路及GABA相关通路等.在HUB基因中GABRD基因表达情况与肿瘤预后显著相关.结论 DNM1、RBFOX1、GABRD等HUB基因可能在GBM的生物学过程中发挥重要作用.
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