以雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区作为研究对象,从生物多样性保护、景观生态状况改善、教育科研价值、生态旅游价值4个方面,选取多样性、稀有性、代表性、自然性、适宜性、脆弱性、人类威胁7项Ⅰ级评价指标,部分Ⅰ级评价指标又分别构成Ⅱ级和Ⅲ级评价指标层,建立保护区生态评价层次结构模型,运用层次分析法对生态评价因子进行等级化处理,确定各评价指标的权重,计算各生态评价因子的评价指数。结果表明:准则层中生物多样性保护的制约性最强,景观生态状况改善次之,生态旅游价值最弱。从指标层各指标对目标层的贡献来看,多样性最大,稀有性、自然性、代表性次之,适宜性、人类威胁再次之,脆弱性最小。最后,得出雅鲁藏布大峡谷国家级自然保护区森林生态系统的综合评价指数(CEI)为0.9451,说明该保护区森林生态系统的生态质量很好,具有极高的保护价值。