粤港澳大湾区是新时代推动形成全面开放新格局的新尝试和推动“一国两制”事业发展的新实践。同时粤港澳大湾区存在不同社会制度、法律制度的制度差异性和不同关税区的空间异质性,使其广域的治理体系建构面临挑战。从“区域主义空间”理论和多层级治理理论来看,粤港澳大湾区不只是产业聚集、技术外溢和区域创新所自然演化的经济地理空间。粤港澳大湾区是国家主导的、在一个新的特定区域空间尺度上展开集体行动的多层级治理框架。地域性治理和功能性治理是多层级治理框架下粤港澳大湾区的两种治理类型,其有效治理的关键在于达成制度性集体行动。新制度主义理论认为,区域治理中制度性集体行动的达成主要依赖两种类型的区域制度,即工具性制度和“身份提供”制度。因而,粤港澳大湾区治理体系建设需要实现区域治理类型和区域制度类型的有机融合。