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有中国特色自主创新作为一个综合性概念，对应不同的实现主体，有国家（层面）的自主创新、区域（层面）的自主创新和企业（层面）的自主创新。虽然三者作为有中国特色自主创新体系的有机组成部分，存在着相互补充、相互支持的互融互动的有机联系，但它们在构成要素、功能定位、目标任务、动力机制和创新优势等方面存在着明显的差异和分工。各层面自主创新应根据各自的功能定位，明确自身的职责与分工，防止盲目攀高和简单对应；并在原始创新、集成创新和引进消化吸收再创新中三种方式中，选择适宜的自主创新实现方式。