随着农业税的减免，地方财政出现严重困难，乡镇财政压力过大。要使乡镇财政走向良性轨道，就必须完善地方财政管理体制，加大力度培植乡镇税源，转变乡镇政财务困境。
　　一、当前乡镇财政运行的主要困境
　　（一）乡镇债务包袱沉重，财政风险较大
　　乡镇的负债原因是多方面的，主要是以前多年积累以及偿债能力明显降低造成的负债。尽管许多债务是在农村税费改革之前就已发生，并非农村税费改革造成的，但是由于农村税费改革形成的乡镇财政政策性缺口、收支结构及其预算管理规范化的刚性约束，在一定程度上增加了这些改革前留下的乡镇债务问题解决的难度。税费改革堵死了三提五统和各类非法集资、收费的渠道偿还债务，除个别省份乡镇企业较成规模外，绝大多数乡镇的企业税收都不能满足偿还债务的需求。随着债务规模的膨胀，债务风险也在不断增加。
　　（二）收支矛盾突出，机构运转困难
　　取消农业税后，乡镇财政失去了原来的主要收入来源，只能依靠分税制改革后留给地方的一些小税种。这些小税种税源零散，结构复杂，征管成本高，难度大，增长潜力有限。而且，随着税费改革的深入，取消了乡统筹费、农村教育集资等专门向农民征收的行政事业性收费和政府性基金、集资，取消了屠宰税，随之而来的问题是乡镇财力严重不足。从支出方面看，农业税改革后，乡镇财力的有限性与事权的无限性的矛盾越来越突出，保工资、保运转面临着很大的困难。
　　（三）财力保障缺失，公共产品供给不足
　　首先，农村基础设施建设支出缺口较大。税费改革后，乡镇财政同样是捉襟见肘。虽然中央和地方各级财政都加大了对农业基础设施建设的投入，但这块转移支付大都是有条件的，即需要乡镇财政按一定比例配套。在有收費权的情况下，乡镇可通过向农民集资加以解决，但收费权取消后，大部分乡镇都无力解决配套资金。其次，农村义务教育经费严重不足。最后，对农村社会保障体系的建立形成制约。取消农税后，对大部分乡镇而言，若上级政府转移支付不到位，不要说建立完善的保障支出体系，就连现有的军烈属优抚、五保户供养都将出现资金缺口。
　　（四）乡镇财政的管理混乱，行政成本偏高
　　分税制改革后，大部分乡镇实行了综合财政预算和零户统管试点，但是传统的粗放式财政管理观念没有得到根本改变，有的乡镇财政所人员较少，素质不高，制度不完善，自身管理尚有待于进一步加强，难以对所属乡镇企业、单位进行有效的管理和监督。由于在实施分税制财政体制和农村税费改革时没有进行相应的配套改革，因此，新型农村合作医疗配套资金、畜禽防疫经费、农村环境整治经费等，导致乡镇财政的社会负担日益加重。
　　二、乡镇财政运行困难的主要原因
　　（一）财政体制不完善，乡镇财政缺乏制度保障
　　一是在政府间财力分配上存在财力层层向上集中的机制，导致了乡镇财政困难。二是政府间财权划分与事权划分不对称。政府财力层层向上集中，而政府职能和支出责任却不断下放。本区域内基础设施、社会治安、环境保护、行政管理等多种地方公共产品，同时还要支持地方经济发展，所需支出基数大、增长也快。三是中国政府间的财政转移支付制度与分税制体制的配套要求相比还相差甚远，缺乏规范、科学、稳定性，尤其不适应农村税费改革后乡镇财政运转的需要。
　　（二）财务管理混乱，举债缺乏约束机制
　　一是热衷于政绩形象工程。全民招商、零地价用地、无底限优惠，一些地方虽然搞出了成绩，却留下了大量的债务。二是举债交税、虚增收入。在一部分乡镇，由于上级政府下达的收入任务脱离实际无法完成，为了应付考核，也只得拉税、买税，借款缴税，既造成财政收入的虚假，也增加了债务。三是缺乏监督制约机制。
　　（三）乡镇政府职能转变滞后，财政“越位”与“缺位”并存
　　乡镇不仅同样按照集权大一统的方式搞所谓“六套班子、七所八站”，而且，由于向下和横分流渠道的匮乏，约束和监督机制的缺失，即使精简机构，执行起来往往是减了机构不减人，在某些经济发达地区，政府部门甚至成了解决就业的唯一渠道。
　　三、乡镇财政走出困境的基本途径
　　（一）完善财政管理体制，规范地方分配关系
　　首先，要按照财权、事权相统一的原则，合理界定地方各级收支范围，确保基层政权的正常运转和各项事业的健康发展。其次，在分税制财政体制的总体框架下，进一步改进和完善转移支付方式。建立规范、科学的转移支付制度，加大转移支付的规模和力度，规范转移支付的方式。为更好地摆脱计算中转移支付的基数，可将原体制定额补助、增资性转移支付和部分专项补助，合并简化为一般性转移支付。最后，实行彻底的分税制，完善地方税收体系，明确地方税主体税种，合理确定税收管理权限。加强中国地方税体系建设，合理确定地方税权，优化地方税结构，规范地方税征管和保障体系。在科学划分各级地方事权的基础上，为地方公共产品的供给提供稳定的资金来源。
　　（二）完善乡镇财务管理机制，化解债务风险
　　首先，加强乡镇政府债务管理，防止出现新的不正常债务，化解债务风险。对经济发达、财政收支规模较大，或者具有明显的集聚和辐射作用的中心镇，应进一步扩大乡镇财政管理的自主权，以调动其发展经济和组织收入的积极性；对经济欠发达、收支规模小的乡镇，则可实行“乡财县管”，由县级财政直接进行规范管理。其次，在具体的财务管理上，要加强乡镇财务会计集中核算工作，充分发挥乡镇会计核算中心的作用。要建立债务消化监督和报告制度，上级财政要对下级政府债务进行监控，并作为财政工作考核的一项重要内容。最后，要全面清理县乡政府的债权和债务，逐年消化旧债，严格控制新债，不得超越财力举债搞建设。
　　（三）精简机构，加快转变政府职能
　　精简乡镇机构和人员，压缩乡镇财政支出负担，为乡镇财政创造较为宽松的发展环境。建立廉洁高效的政府管理机构的原则，通过精简机构，资源整合，以减轻社会负担，促进基层社会各项事业的改革与发展。关键是要严格规范乡镇的机构和岗位设置，减少不必要的机构和财政供养人员，节省行政费用开支；要严格控制新增机构、编制和财政供养人员，对超编单位的超编人员不得安排人员经费和公用经费；加快事业单位机构改革步伐，将有条件的事业单位推向市场；要清理财政供养人员，加大人员分流力度，实施“减员增效”。