对洪泽湖11个站点进行了连续3年监测，共检出浮游藻类8门117属245种(包括变种)，各门藻类种属数依次为绿藻门52属106种，硅藻门24属56种，蓝藻门18属35种，裸藻门7属30种，隐藻门2属3种，黄藻门4属4种，甲藻门3属4种，金藻门7属7种。洪泽湖各监测站点浮游藻类总细胞密度在65×104～4967×104个/L之间，总藻细胞密度月均值北区＞西区＞东区。洪泽湖水体浮游藻类种群结构季节变化显著，季节演替模式为绿藻-隐藻-硅藻(春季)-绿藻-蓝藻-隐藻(夏季)-绿藻-隐藻-蓝藻(秋季)-绿藻-硅藻-隐藻(冬季)。驱动因子相关性分析表明，影响洪泽湖浮游藻类群落结构的驱动因子包括温度、高锰酸盐指数、氮磷营养盐，洪泽湖蓝藻生长的主要驱动因子为温度、高锰酸盐指数和总磷。洪泽湖水体交换频率达到11次/年，不利于藻类的大量繁殖和集聚，目前暂不具备水华大面积暴发的条件；但在水体流动性降低、降水量持续偏少、温度长时间偏高或者风力作用利于蓝藻聚集等特定的气象水文条件下，洪泽湖局部区域存在水华发生的可能性，尤其是成子湖区域和河闸区域。提出全流域氮磷控制、湖泊生态修复、湖泊管理及经济调控等水华防控对策措施。