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本研究以生产上大面积利用的48个杂交籼稻骨干亲本及新育成的亲本为材料，采用SSR（simple sequence repeats）分子标记检测、系谱分析、表型性状聚类及杂种优势测定等方法对供试材料进行杂种优势群的划分及杂种优势模式的构建；探讨依据分子标记计算的遗传距离（genetic distance，GD）与F1杂种优势之间的相关关系；同时，还利用亲缘系数（coefficient of parentage，COP）对生产上大面积利用的100个杂交籼稻亲本进行了遗传多样性分析，主要研究结果如下： 1、利用SSR分子标记将48个亲本材料划分为保持系群（maintainer line group，M-G）、温敏核雄性不育系群（thermo-sensitive genic male sterile line group，TGMS-G）、恢复系群（restorer line group，R-G）和9308 4个类群，其中保持系群又可分为协青早亚群（Xieqingzao subgroup，XQZ-SG）、珍汕97亚群（Zhenshan97 subgroup，ZS97-SG）及外缘亚群（Exotic subgroup，E-SG）；恢复系群则分为明恢63亚群（Minghui63 subgroup，MH63-SG）、IR24亚群（IR24 subgroup，IR24-SG）及两系恢复系亚群（Two-line restorer line subgroup，TR-SG），分群结果基本符合系谱信息，根据分群结果并结合杂交水稻生产实践提出了8种杂种优势模式。72对SSR引物从供试材料中检测出330个等位基因变异，每对引物检测等位基因2～13个，平均4.58个；引物的多态性信息量（polymorphism index content，PIC）范围为0.117～0.882，平均值为0.570，48个材料之间的遗传相似系数（genetic similarity，GS）范围在0.633～0.928，平均为0.740。 2、杂种优势测定结果表明，利用SSR分子标记划分的4个杂种优势群、6个亚群之间存在显著遗传差异并构成28种可能的杂种优势模式。研究了从4个杂种优势群中选出的14个代表亲本相互杂交组合F1的杂种优势表现，结果表明，目前我国杂交籼稻杂种优势利用的8个主要模式中明恢63亚群×保持系群模式、温敏核雄性不育系群×两系恢复系亚群、两系恢复系亚群×保持系群模式仍然表现突出，而保持系群×温敏核雄性不育系群有可能成为新的杂种优势利用模式；两系恢复系和其他类型亲本杂交均能产生较强的杂种优势，定向改良后可能会提高籼稻杂种优势利用水平。 3、根据SSR分子标记分析所划分的杂种优势群可能从整体水平上实现杂种优势的