历经了30余年的快速发展,我国医药产业的技术创新能力持续提高,我国生产的创新药品持续发展,在部分领域已然完成了重要突破。然而,由于现行药品信息公示制度的规定模糊、专利链接制度及其配套措施的缺位、仿制药专利声明制度与专利纠纷解决机制不规范等问题,药品专利出现了认定不清、程序不明、专利纠纷解决机制不健全的问题,已成为了我国医药产业发展的严重阻碍。基于此,本文从目前药品专利保护情况出发,通过比较研究法借鉴域外国家关于药品专利制度的认定规则和司法实践,并结合法理学与法经济学的理论指导,得出我国应明确药品信息公示及审批制度、建立专利链接制度及其配套制度,并且需要进一步健全仿制药的专利声明制度与专利纠纷解决机制。为我国医药产业提供相应的制度建议,从而为完善我国医药产业的法律保障机制提供合理的适用方向,改善药品专利侵权在司法适用中困境,推动我国药品专利保护有关制度的建立,有效推进我国医药产业的稳健发展。