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成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是大多数细菌和古菌在生存压力下进化出的一套抵抗噬菌体干扰的防御系统。本研究首先根据VFDB、PHI-base和NMPDR病原菌数据库确定了 CRISPR数据库中2612株细菌中的549株病原菌菌株。然后通过BLAST比对,对病原菌菌株和总菌株的CRISPR结构中的间隔序列单元数和间隔序列的来源进行了比较分析。最后通过clustalw、MEGA5.0软件和RNAstructure网站,对在病毒数据库中比对成功的50株病原菌菌株的109个CRISPR位点进行侧翼序列的多序列对比和重复序列的RNA二级结构预测。对病原菌菌株和总菌株的CRISPR结构中的间隔序列数量单元和间隔序列来源的比较分析结果显示:病原菌菌株的CRISPR结构和总菌株存在差异,具体表现为,含有CRISPR结构的菌株在病原菌菌株中的比例为48.5%,略高于总菌株中的比例;间隔序列的数量在总菌株和病原菌菌株中的差异显著,病原菌菌株间隔序列分布情况均低于细菌的平均水平;病原菌菌株CRISPR结构中病毒来源的间隔序列比质粒来源所占比例大。对50株病原菌菌株的109个CRISPR位点的侧翼序列的多序列比对和RNA二级结构预测结果显示:可以将109个CRISPR位点分为5个组,但相同病原菌菌株不同CRISPR位点的侧翼序列在进化中呈现不同的分组。同时也在侧翼序列中找到一段富含AT的前导序列。根据侧翼序列的分组,比较组内重复序列特征,发现病原菌菌株的侧翼序列和重复序列存在相关性。大部分病原菌菌株的重复序列的RNA二级结构是以环为主的茎环结构,那么间隔序列与外源DNA或RNA发生作用通常是通过单个的“repeat-spacer”单元完成。通过对病原菌CRISPR结构的分析,对理解病原菌的生活和获得性免疫防御系统提供了基础数据,也可以为动物、植物和人体病原菌的致病性研究提供指导和帮助。