物种多样性和遗传多样性是生物多样性的两个重要组成部分,对物种-遗传多样性相关关系(SGDC)的探讨将有助于深入理解生物多样性的本质,目前这一领域的研究对于水生植物群落的研究十分薄弱。沉水植物是维持湖泊清水稳态的关键类群,本文以洪湖为研究对象,利用AFLP分子标记结合野外调查,对不同干扰条件下沉水植物群落的物种多样性与其内优势沉水植物竹叶眼子菜(Potamogeton wrightii)和穗状狐尾藻(Myriophyllum spicatum)的遗传多样性的相互关系进行探讨。研究表明:对于以上两种沉水植物,群落中辛普森指数(Simpson)、物种丰富度和种群中的遗传多样性(况)在保护区域(干扰较小)内与敞水区(干扰较大,非保护区域)内均没有显著差异。竹叶眼子菜的优势度(DV)在非保护区的变动较大(16.1-77.5%),而在保护区域内保持相对平稳(11.6-18.6%);穗状狐尾藻的的优势度在两个区域都保持比较平稳的趋势,在保护区域内为10.0-13.1%,而在敞水区为7-11.2%。Mantel检测发现两物种的遗传距离和地理距离之间没有相关关系(竹叶眼子菜,r=0.139,P=0.808;穗状狐尾藻,r=0.0046,P=0.804)。两物种的遗传多样性与其所在群落物种多样性在保护区、非保护区和全湖水平均不相关,说明SD和GD对不同环境干扰的响应有所差异。SD水平主要依赖于生境条件,而GD与物种本身生物学特性、生境特征、历史连通性及奠基者效应等因素有关。本研究为浅水湖泊沉水植物群落物种多样性与遗传多样性的关系提供了新的见解和基本信息。依照本研究结果,当对洪湖沉水植被制定恢复和保护策略时,其物种多样性和遗传多样性应该分别保护。