DNA中脱氧尿嘧啶（Deoxyuracil in DNA,d U）的存在是DNA中的一种异常现象,通常由于胞嘧啶的脱氨基或者复制过程中d UTP错误掺入而造成。细胞在修复这种DNA损伤的过程中可能影响一系列的生物学进程。d U可能会作为一个信号平台招募与之结合的蛋白及复合物,从而在基因表达调控及DNA修复等过程中发挥重要作用。因此,研究其结合蛋白,对于理解其生物学效应发生的机制具有重要意义。本文中我们基于质谱技术进行了DNA中d U结合蛋白的鉴定和功能研究。主要进行了以下三个部分的研究:（1）基于质谱技术的d U结合蛋白的鉴定。使用SILAC定量蛋白质组学方法结合生物信息学分析鉴定d U结合蛋白。首先利用SILAC方法得到含轻、重型同位素标记的细胞。将带有生物素标签和d U的DNA双链作为探针与轻、重型细胞裂解液孵育,通过链霉亲和素凝胶珠富集带有生物素标签的蛋白,经胰酶消化后进行液相色谱-串联质谱（Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry,LC-MS/MS）分析检测,鉴定出潜在的d U结合蛋白HNRNPD。（2）HNRNPD与d U的结合性能研究。构建p GEX-4T1-HNRNPD蛋白表达载体并在大肠杆菌E.coli中进行原核表达。通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDSPolyacrylamide Pel Electrophoresis,SDS-PAGE）以及蛋白质免疫印迹法（Western Blot,WB）证明了HNRNPD与d U探针的结合性能较好。（3）HNRNPD对哺乳动物细胞内以及体外转录影响的研究。对于细胞内转录,首先构建蛋白表达载体p RK7-3×Flag-HNRNPD进行真核表达。将质粒转染入HEK 293T细胞以在细胞内过表达HNRNPD蛋白,随后将含有d U的损伤质粒转染入细胞。样品处理后对细胞内的转录本进行测序分析。对于体外转录,先使用HNRNPD蛋白处理质粒,经过体外转录和样品处理后进行测序。发现d U会降低转录的效率和保真度,但是这一过程可能不受HNRNPD的影响。在本文中,我们利用质谱鉴定出了d U的结合蛋白HNRNPD,并通过重组蛋白以及蛋白免疫印迹实验在体外验证了其结合性能。我们进一步研究了HNRNPD在转录过程中的生物学效应,发现d U在细胞内和体外都严重抑制了转录效率并且导致转录的保真度下降,但是不受HNRNPD蛋白水平的影响。因此,HNRNPD可能不会对转录的水平和保真度造成影响。