罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）具有生长速度快、营养价值高、肉质鲜嫩等优点,具有重要的经济价值。罗氏沼虾野田村病毒（Macrobrachium rosenbergii Nodavirus,MrNV）引起的白尾病是罗氏沼虾养殖产业的重要病原之一。micro RNA（miRNA）是一类内源性短链非编码RNA分子,与信使RNA靶向结合,转录后水平调控基因表达。病原菌感染时,通过调控模式识别受体及产生的细胞因子,正或负性调控固有免疫。本研究选取MrNV中国株感染的罗氏沼虾淡化后幼苗为试验材料,未感染为对照组,首先检测罗氏沼虾感染MrNV后的B2基因拷贝数和蛋白表达量,观察MrNV侵染后的组织细胞结构的病理,研究罗氏沼虾感染MrNV后增殖;其次,在鉴定罗氏沼虾感染MrNV基础上,对感染和未感染组罗氏沼虾的miRNA测序并筛选与MrNV病毒侵染相关的miRNA,对筛选的miRNA进行生物信息学分析、鉴定及功能分析;最后运用qRT-PCR、RNA干扰和过表达对筛选得的1个miRNA（MIR-4）进行转录水平、功能及其靶基因调控进行研究。主要结果如下:1.MrNV的B2生物信息学分析表明该蛋白不存在疏水区,无信号肽,无跨膜区。RT-PCR扩增B2编码序列,构建重组质粒pET-30a-B2,诱导表达B2重组蛋白,重组蛋白以包涵体形式存在。Ni柱纯化获得B2纯化蛋白,免疫制备B2重组蛋白的多克隆抗体。ELISA测定B2多克隆抗体效价为1:128000,Western blot表明B2多克隆抗体与靶蛋白产生特异性杂交。2.qRT-PCR和Western blot检测MrNV感染后B2基因拷贝数和蛋白表达量,研究MrNV在罗氏沼虾虾苗体内增殖情况,结果表明MrNV感染后病毒拷贝数和表达量显著增加。病理学观察表明MrNV感染会严重破坏罗氏沼虾组织细胞结构,导致其发生明显的病理变化。3.通过small RNA高通量测序,对感染MrNV前后的罗氏沼虾幼苗构建两个小RNA文库,分别获得31,826,020和30,114,503条clean reads,68个新miRNAs,其中获得20个差异表达的miRNAs,表达上调6个,表达下调14个。对其进行靶基因预测、靶基因功能注释和通路富集分析。GO和KEGG分析表明,潜在靶基因主要参与了内吞作用、硫代谢、溶酶体等过程,主要富集在受体信号通路和吞噬体等通路上。4.qRT-PCR检测18个差异表达miRNAs表达量。进一步研究筛选的差异表达的MIR-4和MIR-19,生物信息学预测与MIR-4和MIR-19作用相关的靶基因;分析病毒感染不同时间段的MIR-4和MIR-19及其靶基因的相对表达水平。结果表明MIR-4及其靶基因Cuticle protein在病毒感染组中表达量高于对照组;MIR-19及其靶基因β1 Laminin在病毒感染组中表达量低于对照组。5.罗氏沼虾尾部肌肉分别注射MIR-4的抑制剂Antagomir和促进剂Agomir干扰和过表达MIR-4,研究其对病毒增殖的影响。结果表明MIR-4过表达和敲除分别抑制和增加MrNV增殖,同时其靶基因Cuticle protein转录水平分别增加和降低,表明MIR-4通过正调控Cuticle protein来抗MrNV。