随着中国市场经济体制的建立和社会保障制度的不断完善，国家对市场经济条件下社会保障的可持续发展关注度与日俱增。社会医疗保险内控体系作为社会保障管理体系建设过程中不可缺少的重要组成部分，对于我国经济发展、社会稳定具有重要的现实意义和巨大的作用。社会医疗保险基金是社会保险体系的核心，目前，我国大部分地区的社会医疗保险体系，经过一段时间发展后已取得了令人瞩目的成绩。但是，随着我国医疗技术事业发展的日新月异、老龄化进程的不断加快，以及劳动人民收入水平逐步提高，人们对社会医疗需求不断增长，造成医疗费用急剧上升。同时，医疗保险基金在运行上也逐步出现了一些深层次的矛盾和问题，社保经办机构在管理医疗保险基金时面临着巨大的压力。如何加强医疗保险基金内部控制管理，防控风险，确保医疗保险基金安全运行；如何根据医疗保险基金特点，完善社会医疗保险基金的运行机制，已成为社保经办机构亟需解决的问题。因此，本文选择对社保经办机构医疗保险内部控制进行研究，具有重要意义。通过在新疆W市社保经办机构一个月的实践与学习，笔者掌握了医疗保险基金的相关数据，为本文在定量分析上提供了依据。本文采用理论描述和案例分析相结合的方法，通过对比分析，尽可能从多方位、多角度全面的对社保经办机构医疗基金的内控模式进行研究。通过本文的研究，希望能有助于提高和完善社保经办机构对医疗保险基金内部控制管理，为新疆医疗保险基金内部控制的发展提供可靠经验。