农地经营权流转是促进农民增收、实现农业产业化和现代化、解决三农问题的重要途径。2015年中央农村工作会议及中央一号文件延续“深化农村改革加快推进农业现代化”这一主题,并明确把引导土地经营权有序流转、发展农业适度规模经营作为今年的重要工作任务。对于农地经营权流转主体的农民,农地是其最大的保障,具有重要意义,农民权益的实现程度直接影响着我国农地经营权流转效果的好坏。然而实践表明,农民权益受侵害现象时有发生,保障情况并不乐观,背离了农地经营权流转的主旨,阻碍着农地经营权流转的健康有序发展,必须尽快加以改善。本文以德阳市旌阳区农村为例,首先通过实地调研,找出该区农地经营权流转中农民权益存在的问题；再结合帕森斯AGIL功能分析模型和因子分析法,分别对农民权益受损的外部环境因素和农户自身因素进行分析；最后,提出保障农地经营权流转中农民权益的相关对策建议,主要研究结论如下：(1)旌阳区农地经营权流转中,农民的经济权益存在着流转收益低下,价格依据不合理、流转后农地非粮化现象突出的问题；政治权益存在着的流转不规范、农民主体地位缺失和被动性问题;社会权益存在着农民就业无保障、缺少维护自身权益的途径,纠纷处理效果不理想的问题。(2) AGIL模型和因子分析表明,农民权益保障的外部环境存在着政府角色定位不当、村委会行为不规范、法律法规缺乏实效性、转入方缺乏自制性、社会舆论监督乏力等关系的断裂,维权系统无法发挥其对农民合法权益的保障作用。再加上农民自身无法对自己的权益进行很好的维护,最终导致了农民权益保障问题的出现。(3)根据旌阳区农地经营权流转中农民权益保障的问题及其影响因素,提出了包括转变政府职能、完善法律法规、物质与制度保障并存、规范村委会行为、完善土地纠纷解决机构和机制、加强社会道德建设等保障农民权益的相关建议。