基于生物信息学方法研究翼状胬肉差异基因及差异miRNAs

来源 :福建医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:boge09
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目的:基因芯片数据可以在高通量水平上探讨翼状胬肉的关键基因及miRNAs(microRNA,微小核糖核酸),对翼状胬肉发病机制的研究有显著的优势。目前对于翼状胬肉的病因仍未完全明确,因此本研究的目的是从生物信息学角度分析与翼状胬肉相关的基因及miRNAs,并实验验证,从而确定翼状胬肉的分子机制,为翼状胬肉的治疗提供新的靶点及理论基础。方法:首先,从GEO数据库(Gene Expression Omnibus,基因表达数据库)检索人翼状胬肉基因芯片及miRNA芯片数据,使用GEO2R在线工具筛选出差异基因及差异miRNAs,并应用cytoscape软件筛选出核心基因,miRDB(microRNA database微小核糖核酸数据库)在线工具预测差异miRNAs的靶基因;然后利用DAVID(The Database for Annotation Visualization and Integrated Discovery,注释、可视化和综合发现数据库)软件对差异基因及靶基因进行通路富集分析;最后选择差异miRNAs中miR-142-5p进行qRT-PCR(quantitative real-time polymerase chain reation,实时荧光定量PCR)实验验证,并结合相关参考文献对差异基因及差异miRNAs进行分析。结果:通过对基因芯片检测的人翼状胬肉和正常结膜组织样本进行差异分析后,得到16个上调差异基因及9个下调差异基因以及4个上调的差异miRNAs及3个下调的差异miRNAs。将7个差异miRNAs导入miRDB数据库后,预测得到1025个靶基因,差异基因及差异miRNAs导入cytoscape软件,最终可得到7个核心基因及连通度最高的前18个靶基因。分别将差异基因及靶基因导入DAVID软件中进行GO(Gene Ontology,基因本体论)功能富集分析及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)通路富集分析。差异基因的GO功能富集分析结果主要包括对成纤维细胞增殖的调控、转录因子活性等,信号通路富集分析结果主要包括ECM受体相互作用、PI3K-Akt信号通路等。靶基因的GO功能富集分析结果包含了对转录的调控、细胞增殖的调控等;KEGG通路主要富集在癌症通路、MAPK信号通路等。差异miRNAs中的miR-142-5p调控了大部分核心靶基因,因此,我们选择对差异miRNAs中的miR-142-5p进行qRT-PCR实验验证,结果与基因芯片检测结果相同,说明miRNA芯片分析结果可靠。结论:通过生物信息学方法筛选出翼状胬肉相关基因及miRNAs,比如:EGR1基因和FOS基因;miR-142-5p可能与翼状胬肉发病的分子机制相关。
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