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第一部分类风湿关节炎患者与正常对照组血清蛋白质指纹图谱及分析目的以SELDI-TOF-MS方法分析类风湿关节炎(RA)患者和正常对照者的血清样本,寻找在两组中表达具有显著性差异的蛋白或蛋白谱。材料与方法收集67例RA患者和50例健康对照者的血清样本,-80℃冰箱保存。样本在一个冻融周期内同批进行SEL DI-TOF-MS分析,绘制蛋白指纹图谱。应用BiomarkerWizard软件和Biomarker Patterns软件识别蛋白峰信息,并建立树形分类模型寻找能够以最高敏感性和特异性分辨RA组和正常对照组的蛋白谱。结果分别在低分子量范围段和高分子量范围段内寻找鉴别RA组和正常对照组的蛋白峰。在低分子量范围全部可识别的61个差异蛋白峰中,有38个峰在两组间的表达具显著性差异(t＜0.05)。其中RA组峰值平均强度/对照组峰值平均强度≥2或≤0.5的蛋白峰共9个,包括4个RA组高表达峰(5842.794Da,32013.67Da,11501.75Da,11716.16Da)和5个RA组低表达峰(8569.756Da,3936.001Da,4155.924Da,4173.434Da,46769.7Da)。依据错误分组相对损失最低的原则,利用BiomarkerPatterns软件寻找最佳的树形分类模型,结果得到由6个鉴别蛋白峰组成的树形模型。其中包括质荷比为8569.75Da、3936.00 Da、4285.28 Da、5906.25 Da、3936.00Da、16135.0 Da的蛋白峰。该模型对RA患者和正常对照者进行分组的敏感性可达到98%,特异性达100%。引入一组新的RA患者和正常对照对该模型进行检验,判断RA的敏感性达93.75%,特异性达85.71%。在高分子量范围内全部可识别的59个差异蛋白峰内,有34个峰在两组间的表达具显著性差异(t＜0.05)。其中RA组峰值平均强度/对照组峰值平均强度≥2或≤0.5的蛋白峰共19个,包括14个RA组高表达峰(1049.134Da,7930.159Da,15750.71Da,11784.97Da,7734.485Da,11168.51Da,64076.62Da,32063.7Da,55558.68Da,8026.361Da,10920.03Da,8090.985Da,11534.22Da,32205.72Da)和5个RA组低表达峰(101923.8Da,66830.52Da,90260.76Da,74402.67Da,124529.7Da)。利用Biomarker Patterns软件寻找错误分组相对损失最低的最佳树形分类模型,结果得到由5个鉴别蛋白峰组成的树形模型,其中包括质荷比为101923 Da、1049.13 Da、132955 Da、51251.6Da,7734.48 Da的蛋白峰。结论本研究建立的树形分类模型能够以很高的敏感性和特异性鉴别RA患者和正常对照者,其中部分蛋白峰标志与其它同类研究的结果吻合,在大样本中对该模型进行检验将为其应用于临床奠定基础,进一步对未知蛋白进行鉴定将有利于探明RA发病机制。第二部分用蛋白质组学方法寻找RA患者亚组的生物标志目的运用SELDI-TOF-MS方法寻找与RA活动性,对MTX治疗反应性,发生骨侵蚀,以及RA肺间质病变相关的蛋白标志。材料与方法全部病例来自论文第一部分的RA病例组,并进行以下几种亚组划分:①在5个月随访期内根据DAS28评分能够达到病情明显缓解或中度缓解的病例(28例),对其治疗前后的血清样本进行自身配对研究,寻找与疾病活动性相关的蛋白标志。②对MTX治疗有效的RA病例(17例)和MTX治疗失败的RA病例(26例)进行比较,寻找与预测MTX治疗反应性有关的蛋白指标。③比较有骨侵蚀性病变RA病例(9例)和无侵蚀性病变RA病例(13例)的血清蛋白指纹图谱,寻找与骨侵蚀相关的蛋白标志。④比较有类风湿肺间质病变(4例)和没有肺间质病变(12例)患者的血清蛋白指纹图谱,寻找与发生类风湿肺间质病变相关的蛋白指标。结果得到6个与疾病活动显著相关的蛋白标志,分别为10268.8Da,11716.1Da,15128.9Da,28115.4Da,29063.6Da,44069.2Da。与MTX治疗反应相关的蛋白标志,包括在MTX治疗失败组中高表达的蛋白峰:4172.623Da,3371.871Da,4151.792Da,3441.372Da,46858.87Da,2739.228Da,15119.91Da,3157.822Da,9735.814Da,7569.996Da,24123Da;以及在MTX治疗有效组中高表达的蛋白峰:5328.78Da,10275.08Da,4647.921Da,15927.04Da,28116.22Da。与RA侵蚀性病变显著相关的蛋白峰包括,在RA侵蚀性病变组中显著高表达的蛋白峰:4303.191Da,5906.034Da,6111.997Da,以及在RA非侵蚀性病变组中显著性高表达的蛋白峰为:39439.3Da,46669.33Da,23443.11Da,47862.89Da。与RA肺间质病变显著相关的蛋白峰包括,在RA肺间质病变组显著高表达的蛋白峰:11381.34Da,45766.36Da;以及在RA无肺间质病变组显著高表达的蛋白峰:6207.904Da,4094.38Da,4649.487Da,5220.168Da,5641.309Da结论以上各蛋白标志可能对提示RA亚组特征有意义,其实际预测效力需要在大样本中得到验证,对关键蛋白进行鉴定能够对进一步阐明RA发病机制,寻找新的治疗靶点开创前景。