近岸海域的微生物生态系统在海洋生态系统中占有十分重要地位,海洋细菌在海洋生态环境的物质能量循环中扮演重要角色。本研究通过生态调查对三亚湾海洋细菌群落的多样性进行探索,同时结合软件展开对海洋细菌群落功能的预测分析,并分析分离培养到细菌的基因组特性。在生态调查研究中发现,三亚湾东西部的海水营养盐浓度、细菌丰度存在差异,推测是受到入海径流三亚河的影响而产生。在细菌群落多样性上,各个站点的细菌群落在物种多样性和丰度上表现出一定的相似性和差异性,其中S0为微生物群落多样性最丰富的点位,而S5的多样性最低,S3多样性与S0、S2、S4、S5、S6 存在较大的差异性。Proteobacteria、Actinobacteria、Cyanobacteria 以及Bacteroidetes是多个站点样品中的主要门类,SAR11类群在每个站点的表层海水细菌丰度中都占据了较大份额（14%～49%）,说明此处生态环境利于SRA11类群的生长。在功能预测上,采用PICRUSTs、FAPROTAX两种方法展开对细菌群落功能的预测,PICRUSTs预测方法结果显示,在KEGG直系同源基因的丰度上,S3、S0、S2相对于S6、S4、S5的丰度较低。S0、S2以及S4、S5的功能预测结果在磷代谢、硫代谢、氮代谢、氨基酸代谢的分类上与细菌群落多样性的分类结果具有一致性,表明细菌群落多样性与其功能具有对应关系。S6的各个代谢相关编码基因的丰度最高,S3最低。FAPROTAX方法的预测结果显示,细菌群落功能中细胞内营寄生作用、化学异养、有氧光能自养、反硝化的相关编码基因对应丰度较高,也是S6在功能预测结果上的相关编码基因丰度最高,S3最低。对一株海洋拟杆菌Echinicola rosea JL3085进行基因组测序分析,发现菌株JL3085基因组中有丰富的碳水化合物活性酶相关编码基因,并结合生理实验结果验证了菌株JL3085具有降解果胶、木聚糖、阿拉伯半乳聚糖的能力。