大肠癌(Colorectal Cancer, CRC)是最常见的消化道恶性肿瘤之一,发病率在全球人类高发肿瘤中位列第三,它包括结肠癌和直肠癌两部分,具有高死亡率,高复发率和高转移率的特点,且预后较差,所以对其的及时诊治就显得尤为重要。目前在临床上唯一被用来检测大肠癌表达产物的是血清CEA检测技术,然而一方面,大量的测试需要大量的血清CEA,这直接导致了测试价格的昂贵；另一方面,它存在假阳性率和假阴性率高的问题,特异性和敏感度均较低,故其在临床上的诊断价值有限。近年来,随着蛋白质组学技术的不断进步和发展,研究者以期通过此新技术找到更好的筛选和鉴定肿瘤的生物标志物,从而在肿瘤治疗中取得新突破。本研究分别从两种芯片出发,即金芯片(Gold Chip)和正相亲水(Normal Phase 20, NP20)芯片,采用分子流行病学(Molecular Epidemiology)的研究方法和理论,以中国人群为研究对象,创新性地结合磁珠与表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测大肠癌患者血清蛋白质组,包括筛选大肠癌血清候选标志物：不同临床分期大肠癌血清的差异表达蛋白筛选等；同时还探索性的研究了结肠癌和直肠癌之间的差异蛋白峰,试图以蛋白质组学的角度区分两者.最后,应用了决策树建模分析法建立了两种芯片的联合诊断模型,初步探讨了所建立的诊断模型在大肠癌早期诊断中的临床意义,以期优化实验结果.本文还比较分析了两芯片的实验结果并评价了本实验中运用的磁珠结合SELDI-TOF-MS技术,试图为筛选肿瘤标志物提供一个崭新的研究思路和技术平台.结果表明,癌症组与正常组样品间的差异非常显著,从NP20和AU两种芯片的分析结果来看,分别找到了m／z为13732.4和13912.3两种峰能较好的把两组样品区分开,而两个峰的位置相隔很近,推测这两种显著差异峰对应的化合物比较相似,说明两种芯片得到的结果较为吻合,它们有可能成为诊断大肠癌的新生物标志物；结直肠癌早晚期的区别也很明显；而相比之下,直肠癌与结肠癌的蛋白表达区分不是很明显。而两种芯片建立的联合诊断模型,其预测的准确率有所提高,优化了实验结果.另外,通过实验结果分析,磁珠结合SELDI蛋白芯片技术具有廉价,快速,灵敏度高,操作简单等优点,故此实验技术路线还是具有探讨价值的.综上所述,本研究摸索并最终确定的最优实验条件可作为研究者们今后做相关实验的一个重要技术路线参考依据,而本研究最终建立的联合诊断模型和筛选出的候选生物标志物也可为将来将它们投入到实际临床检测中提供重要的理论依据.