国务院于2016年印发的《“十三五”国家科技创新规划》文件中指出要加速迈进创新型国家行列,加快建设世界科技强国。“十三五”科技创新的总体目标是:国家科技实力和创新能力大幅提升,创新驱动发展成效显著,国家综合创新能力世界排名进入前15位,迈进创新型国家行列,有力支撑全面建成小康社会目标实现。国家科技创新能力的提升离不开企业的支持,它已成为全国各级政府关注的热点、焦点,加大对创新型企业政府补助的力度是各级政府义不容辞的责任。深圳市是改革开放的第一所城市,经济发展迅速,尤其是创新型行业领先于全国其它城市,在政策、环境、人才上都有得天独厚的优势,在创新型企业政府补助上的监管都得到较高的关注与重视,先后出台相应的管理措施和管理办法。政府监管的效果从目前来看并没有达到预期的目标,所以对于如何加强深圳市创新型企业政府补助监管具有很强的现实意义。本文先以政企关系理论和公共财政学理论为依据,将文献分析法,访谈和调查问卷法等作为主要研究方法,再分析深圳市创新型企业的政府补助监管的现状,剖析了目前深圳市创新型企业的政府补助存在的问题,并基于监管的维度对每个问题的产生进行了深入的原因分析。最后为了提高深圳市创新型企业政府补助监管的效率和效果,扭转当前的现状,提出相关完善深圳市创新型企业政府补助监管的对策意见:一是加大创新型企业政府补助信息供给;二是加强相关人员的教育与培训;三是积极推进创新型企业政府补助监管支撑体系建设;四是加强创新型企业的政府补助监管建设力度;五是塑造良好的政府补助监管环境。