政府是一个有着人员、经费、能源消耗等多方面投入和政治、经济、文化、社会发展等多方面产出的复杂系统,政府绩效评价需要兼顾其多投入和多产出特性。数据包络分析(DEA)是一种基于投入--产出,可以处理多投入、多产出的复杂系统,因其无须事先确定投入产出指标的权重,可避免主观因素影响,因此在非营利组织绩效评价中得到迅速推广。目前我国政府绩效DEA评价的研究中大多使用经典DEA模型,而在政府绩效评价实践中,有些投入指标为不可控指标,如区域人口,区域自然条件,但其会影响到某些产出；还有一些指标,如环境污染、有害产出等为逆向指标,越小越好,这些都使得简单采用经典DEA模型可能导致评价结果失真的问题。此外,DEA自身无法解决指标选取问题,若在指标设置上缺乏价值层面的考虑,在DEA模型构建中不能体现当前政府提倡的主导价值观,也可能导致评价结果的可靠性下降问题。本文在分析现有基于DEA的政府绩效评价研究在指标选择及模型运用上存在的不足及遇到的挑战基础上,构建了结合不可控指标和逆指标的新DEA模型；通过评价指标建构和DEA模型设计体现政府绩效评价的价值导向；并以我国30个省级政府2011年数据为基础,对其政府绩效进行分析。结果显示81.82%的东部省份绩效表现良好,说明经济发展是保证社会民生水平、基础设施建设水平提高、改善能源环境的首要条件。绩效较差的东部省份是因为环境方面逆产出较大。对西部省份而言,绩效表现较好的是那些投入少以及逆向输出少的省份。总体而言,省级政府要进一步提高绩效还需要节约资源,用最少的财政、人员、能源投入达到想要的效果,提高资源的使用效率；另一方面,要注意保护生态环境,控制废弃物的排放,才能做到可持续发展。