种子是农业生产的源头,是不可替代的、最基本的农业生产资料,种业是关系到国家粮食安全的战略产业。近年来,随着经济全球一体化的发展,国外大型农业公司加快了在全球的战略布局,先后通过购并关联产业进入种业行业。目前,世界十大种业公司瓜分了全球种业60%以上的市场份额,对发展中国家种业构成巨大挑战。我国种业市场规模位于世界前列,据世界种业联盟2008年的估计,中国种业市场规模约为40亿美元,约占全球种业市场规模1/10,位居全球第二。但是如此大的种业市场却未能培育出具有国际竞争力的种业公司,因此提升我国种业竞争力以应对来自国际种业巨头的挑战成为亟待解决的重大问题。种业竞争力的提高源于种业产业链企业间有效合作。育种、生产、加工、包装、运输、分销、推广等一系列环节需要由不同的企业或部门来完成,这些不同的环节有序的运转就构成了种子产业链,产业链上下游企业通过合作来共同完成链条上各环节的工作。合作绩效成为衡量这些企业之间合作成效的重要变量,也直接影响种子产业链整体效率和竞争力。为此,本文从理论和实证两方面对种子产业链合作绩效影响因素进行了研究。首先,本文从产业链和供应链企业合作绩效文献入手,归纳出影响企业——供应商合作绩效的诸多影响因素,在此基础上,结合我国种子产业链实际,构建了种子产业链企业合作绩效的影响因素模型。认为合作意向、合作条件对合作能力有直接影响,同时也直接影响合作绩效；不确定性、利益分配影响合作意向,同时也影响合作绩效；合作能力直接影响合作绩效,其中合作意向包括信任和承诺两个维度,合作条件包括资源和信息化两个维度,合作绩效分为客观绩效和主观绩效两个维度,不确定性包括内部不确定性和外部不确定性两个维度。其次通过调查湖北、江西、安徽三省种子产业链上企业获取数据,利用SPSS11.0软件对问卷效度和信度进行检验,结果显示问卷信度和效度达到要求,适合做进一步分析,之后用AMOS6.0软件绘制所构建的影响因素模型,利用结构方程对模型进行验证,具体结论如下：合作意向正向影响合作能力,即企业之间若有强烈的合作意向将会有助于挖掘并发挥其合作能力；合作条件也正向影响合作能力,毫无疑问拥有好的条件的企业起合作的能力更强,从这点可以看出要提高双方之间的合作能力企业应该较为重点关注企业自身条件的建设；合作能力对合作绩效的影响非常显著,成为决定双方合作绩效的非常重要因素,种子产业链企业双方通过提升其合作能力能够极大的改善双方合作绩效；不确定性、利益分配不直接影响合作绩效,但显著影响合作意向,说明双方的合作意向对合作不确定性和利益分配比较敏感,具体说来不确定性正向影响合作意向,可能的解释是当种子产业链企业双方合作部确定性较大时,双方会采取必要措施来降低合作不确定性,采取这一措施的过程即增进了双方合作意向。利益分配合理性直接影响合作意向,即在种子产业链运转过程中种子生产企业与分销商、县级分销商与零售商之间利益分配是一个较为关键的问题,虽然找出令各方均满意的利益分配机制是一件较为困难的事情,但是无论如何,制定被合作各方所能接受的利益分配原则和方法应该应该受到重视。