目的：用基因芯片研究热药治疗寒证的基因表达谱，分析寒证所涉及的相关基因类别，为评定寒证的分子疗效，探索寒证的分子机理奠定基础。 方法：用39个因子的寒证量表，经中医诊断学教授把关，精选典型寒证病例，对治疗有明显疗效者，在治疗前后分别采外周血，提取血液中的mRNA，再逆转录为cDNA以备检测。采用2035条人的靶基因cDNA制备成基因表达谱芯片，用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记治疗前与治疗后cDNA，用其制备成探针，再进行分子杂交，得到治疗前后的差异基因芯片表达谱，通过计算机扫描后获得分子生物学信息，并进行数据分析。 结果：经热药治疗后5例寒证患者有明显的疗效，初步筛选出了差异表达基因59条，其中热药治疗后上调基因16条，热药治疗后下调的基因43条，它涉及到病理性基因，及能量代谢、糖代谢、脂类代谢、蛋白质代谢、核酸代谢、免疫和内分泌相关等7类基因，并举例说明。 讨论：本研究中经热药治疗后寒证症状改善明显，基因表达有43条下调，大多是一些病理性基因，上调的16条多为以正常代谢有关的生理性基因。结合热药治疗寒证后基因表达谱的改变和寒证症状的改善，可以认为寒证和寒证症状与基因表达有密切的相关性。提示基因芯片的高通量，平行检测的特点符合中医整体观念和辨证论治的特点，可以从微观基因水平研究寒证的整体机理，并探索评定其分子疗效的方法。