香猪卵巢microRNA组学研究

来源 :贵州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dsmhjs
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
microRNA(miRNA)是一类内源性非编码RNA长度约为22 nt左右,miRNA通过与靶基因m RNA的3’非翻译区(3’Untranslated Region,3’UTR)结合,降解m RNA或抑制m RNA翻译过程来发挥转录后调控作用。miRNA广泛分布于各种真核生物,参与机体细胞增殖、分化、凋亡、胚胎发育、物质代谢、肿瘤的发生抑制和细胞信号转导等各项生命活动。香猪是贵州地方猪品种之一,是重要的经济动物主要特点是性成熟早产仔数少,产仔数少是阻碍香猪生产业发展的关键因素。本研究旨在从香猪卵巢small RNA测序数据中挖掘调控香猪发情的miRNA分子,分析香猪发的情分子调控机制,为从分子水平解析香猪产仔数提供理论依据。研究以发情期和发情间期的香猪为供试动物,屠宰后取其卵巢组织提取总RNA进行small RNA测序,利用生物信息学方法检测香猪卵巢miRNA表达谱筛选差异表达的miRNA,并预测差异表达miRNA的靶基因,对靶基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,最后初步筛选出香猪卵巢中对香猪发情具有调控作用的miRNA。本研究获得的结果如下:1.基于高通量small RNA测序,利用生物信息学方法检测香猪卵巢miRNA表达谱。发情间期的香猪卵巢中miRNA序列比发情期多,发情期香猪卵巢中共有68342条miRNA序列,其中61448条来源于猪6894条来源于与人牛小鼠的同源,发情间期的香猪的卵巢中共有71122条miRNA序列,其中63530条来源于猪7592条来源于与人牛小鼠的同源。2.发情期和发情间期的香猪卵巢miRNA序列,均表现出与牛的miRNA序列同源的最多与小鼠同源的最少,发情期和发情间期的香猪卵巢miRNA序列中分别有26.50%和25.40%的序列在猪、人、牛、小鼠四个物种间保守。3.香猪卵巢中miRNA序列注释显示,发情间期的香猪卵巢中表达的miRNA分子比发情期要丰富。发情间期和发情期香猪卵巢中分别有607和594个miRNA分子表达,其中577个在发情期和发情间期共同表达,发情期香猪卵巢特有表达17个,发情间期特有表达30个。4.根据差异表达的阈值P<0.05且log FC>1或log FC<-1为筛选条件,本研究共筛选得到34个差异表达miRNA,与发情间情相比发情期有21个miRNA分子上调,13个miRNA分子下调。对差异表达miRNA进行靶基因预测,共得到1189个靶基因。5.通过GO富集和KEGG通路分析靶基因,发现主要参与的生物学过程包括,细胞过程(cellular process)、代谢过程(metabolic process),主要分布在细胞(cell)、细胞部分(cell part),分子功能主要涉及结合(binding),催化活性(catalytic activity)等。靶基因通路富集中有多条通路与卵泡的发育成熟排卵有关,如性腺激素释放激素受体途径(Gonadotropin-releasing hormone receptor pathway)、胰岛素样生长因子通路(insulin IGF pathway)、表皮生长因子受体信号通路(EGF signaling pathway)等。研究筛选出7个可能对香猪的发情具有调控作用的miRNA分子(mi R-23b、let-7i-5p、mi R-103、mi R-30e-5p、mi R-1271-5p、mi R-181a、mi R-125b)。6.经过实时荧光定量PCR试验验证,随机检测的6个miRNA序列(mi R-133b、mi R-143-3p、mi R-7-5p、mi R-500-5p、mi R-145-5p、mi R-23b),在发情期与发情间期的香猪卵巢中均有表达,与测序分析结果比较发现大致趋势是一致的。
其他文献
针对ZSM-5分子筛在MTO反应中存在低碳烯烃选择性较低和反应温度过高的问题,以具有丰富L(Lewis)酸特性的介孔t-ZrO2改性ZSM-5分子筛,构造ZSM-5/t-ZrO2协同催化的复合催化剂。围绕此展开了复合催化剂制备工艺的优化;在MTO反应中引入乙醇,构建甲醇-乙醇共催化转化体系,并对其进行工艺条件优化,旨在达到提高低碳烯烃选择性和降低反应温度的目的;最后对ZSM-5/t-ZrO2复合催
本文研究了利用激光束能量高、加工效率和精度高的特点实现陶瓷表面金属化的新方法,并对单分散银粉的制备及其在柔性银薄膜制备中的应用进行了研究。利用XRD、SEM、TEM和FI-IR等方法对材料进行了表征。在本文中,利用CO2激光束在Al2O3陶瓷表面制备出致密的C u金属层。为改善Al2O3-Cu间的润湿性,首先利用Cu2O对Al2O3陶瓷表而进行修饰。研究发现,高温下Cu2O与Al2O3发生固相反应
杂多酸又称多金属氧酸盐(POMs),至今已有很长的发展历史。瓜环是一类具有新型笼状主体及疏水空腔的超分子化合物。其端口的羰基氧原子带负电,腰上则具有很强的正电性。因此利用瓜环的外壁正电性与多酸阴离子相互作用,可构筑瓜环-多酸阴离子的多组分超分子自组装体,近年已成为超分子化学研究的热点之一。本文利用瓜环Q[n]s:全羟基取代五元瓜环{(OH)10Q[5]}、全甲基取代五元瓜环(Me10Q[5])、六
随着互联网和电子商务的繁荣发展,我国网络购物人数在逐年攀升,网络购物交易量和交易次数也在飞速增长,这种模型也逐渐成为购物的一种常态方式。各大电商平台也纷纷发挥各自优势,利用不同的活动形式来抢占市场份额,提高用户忠诚度及用户体验水平,保证利润率。对此,除了产品质量、物流水平以及支付安全性等问题之外,网站本身的设计也是提高用户体验水平的重要环节。并且随着网络信息的不断膨胀,PC端网络购物网站提供的信息
打赢脱贫攻坚战是我国全面建设小康社会的关键组成环节,实现这一目标,需要全党、全国人民奋力拼搏。精准扶贫、精准脱贫是打赢脱贫攻坚战的指导思想,确保精准扶贫、精准脱贫思想的实施,不仅是党和国家机关的任务,也是社会扶贫主体的义务。精准扶贫,首要的难点在于精准二字,既要确保扶贫对象是真贫困,又要确保扶贫覆盖范围的精准性。目前,我国精准扶贫的实施已经取得了显著效果,带领大部分群众脱离了贫困。但客观来看,部分
芳胺是一类非常重要的化工中间体,广泛用于除草剂,杀虫剂,合成染料,化工产品药物等。芳胺的制备有很多方法,其中最简单的、主要的方法是通过还原芳香族硝基化合物的方法。非均相催化氢转移还原法由于环境友好、反应条件温和、操作简便、产率高、催化剂易回收等优点,近年来在催化氢化领域备受关注。本论文正是在这样的背景下开发了一种新型多功能铁-锡氧化物复合材料,作为还原硝基芳烃的有效催化剂,以水合肼作为氢源,催化还
微藻多糖具有抗氧化、抗肿瘤、抗病毒、免疫调节等功能,被广泛应用于食品、饲料、医药、污水治理等多个领域,有重要的研究价值。本研究以海洋小球藻(Chlorella sp.)作为研究对象,采用DEAE-52纤维素阴离子交换柱分离纯化小球藻胞外多糖,对其纯化组分CEP4进行结构表征;研究纯化多糖CEP4对小鼠RAW264.7巨噬细胞的免疫调节活性。采用转录组测序技术分析CEP4对巨噬细胞免疫调节潜在的分子
“而”在现代汉语中是一个高频连词,具有虚词的共性特点,也具有本身的个性特点。语法意义多且虚灵,本身比较复杂,韩国学生使用连词“而”的偏误率也较高,亟待解决,而专门研究韩国学生连词“而”的个案研究寥寥无几。本文在借鉴现有连词“而”研究成果的基础上,通过统计分析CCL语料库和HSK动态作文语料库1348条语料,分别考察了汉语母语者连词“而”的使用情况和中高级水平韩国学生连词“而”的习得情况,得出的主要
抗肿瘤药物递送系统,是以无毒/毒性较小的粒子作为抗肿瘤药物载体,通过表面功能化修饰,作用于肿瘤细胞,形成的一种药物递送系统。常见的抗肿瘤药物载体包括:介孔二氧化硅、水凝胶、脂质体、聚合物胶束等。通过不同的功能化基团(叶酸,透明质酸等)修饰,可以增大对于肿瘤细胞的靶向性,同时减少对于正常细胞的损伤,大大降低化疗药物对机体的毒副作用;可以使用多种刺激响应型基团修饰(氧化还原刺激响应型、pH刺激响应型等
艾纳香油Blumea balsamifera(L.)DC Oil(BB Oil)作为贵州省的一种重要民族用药艾纳香的提取物,前期研究证实其具有很好的抗炎活性,并发现其中的trans-Caryophyllene和(-)-Linalool具有抗炎作用,可通过TLR4/NF-κB、花生四烯酸(AA)、Nrf2/HO-1炎症信号通路发挥抗炎作用,而其是否还存在其他的作用靶点,以及这些靶点在血管内皮细胞炎性