大黄鱼(Larimichthys crocea)是我国沿海网箱养殖产量最高、面积最大的海水鱼类,具有重要的经济价值。早前的研究发现在鱼类中,肠道菌群能够刺激上皮细胞的增殖、促进营养代谢和天然免疫,研究鱼类肠道菌群将有助于筛选一些具有改善肠道稳态能力的益生菌、益生元和化合物。大黄鱼作为有重要经济价值的鱼类,对于它的肠道菌群的研究具有重要的意义。本研究以大黄鱼为研究对象,通过Illumina高通量测序平台对肠道菌群DNA的16S rRNA基因V4区测序,分析了不同养殖环境、不同发育时期和只投喂人工饲料的大黄鱼的肠道菌群多样性,主要的研究结果有以下几方面:1、为了研究大黄鱼不同消化器官菌群多样性的差异,采集了同一网箱的8尾一龄大黄鱼,分别取胃盲囊、幽门胃、幽门盲囊、直肠、小肠等消化器官。测序结果经基于加权的Unifrac距离的PCoA(principal co-ordinates analysis)分析,结果表明小肠的菌群和其他器官之间有差异,进一步用分子方差分析法(Analysis of molecular variance,Amova)进行分析,发现小肠和胃盲囊的菌群多样性之间有极显著差异(P<0.001)。2、为了研究不同养殖环境的大黄鱼肠道菌群差异和大黄鱼的核心菌群,一共取了四组宁德地区网箱养殖大黄鱼、一组闽江口野生大黄鱼、一组确洲岛附近的野生大黄鱼,用PCoA和Amova分析肠道菌群多样性,结果表明硇洲岛附近的野生组和所有网箱养殖组的大黄鱼肠道菌群多样性都有显著的差异(Amova,P<0.001);α多样性分析结果表明,Shannon指数随着体重的增加而增大,闽江口野生组大黄鱼的Chao指数最高;此外发现α-变形杆菌纲、γ-变形菌纲、梭菌纲、β-变形杆菌纲、拟杆菌纲是主要的优势细菌纲,有12种细菌在每组大黄鱼肠道中的出现率都超过60%,认为这些细菌是大黄鱼的核心菌群。3、为了研究人工饲料对大黄鱼肠道菌群的影响,我们将网箱养殖中摄食鱼糜的大黄鱼饥饿3天后开始投喂人工饲料,分别在投喂2周和4周后进行取样分析。α多样性分析结果表明,和网箱养殖的大黄鱼相比,投喂人工饲料2周后的大黄鱼肠道菌群的Shannon指数极显著下降(One-way ANOVA,P<0.01),投喂4周后的大黄鱼肠道菌群的Shannon指数显著下降(One-way ANOVA,P<0.05);秩和检验结果表明,肠道菌群中有11种细菌的相对丰度在摄食鱼糜和摄食人工饲料的大黄鱼之间有极显著的差异(Mann-Whiteny U,P<0.01)。4、为了研究大黄鱼早期发育中肠道菌群的变化,我们分别在两个不同育苗场中采集了 2组大黄鱼幼鱼,第1组包括孵化后第13天、20天、25天、30天的幼鱼,第2组包括孵化后第12天、18天、20天的幼鱼。大黄鱼在孵化后第12天至20天主要摄食桡足类,第20天至30天主要摄食人工饲料。α多样性分析结果表明,第1组大黄鱼在孵化后13天至25天肠道菌群Shannon指数随发育时间的增加而增大,第30天出现了下降,可能是因为摄食人工饲料影响了肠道菌群;第2组在孵化后12天至20天Shannon指数随发育时间的增加而增大。此外还发现有一些细菌如发光细菌(Photobacterium)、嗜血杆菌(Haemophilus)、链球菌(Streptococcus)在两组大黄鱼肠道中每个发育阶段相对丰度都较高,这些细菌在网箱养殖的大黄鱼肠道中也都有检出。通过本研究,我们发现了养殖环境和人工饲料能影响大黄鱼肠道菌群,大黄鱼不同发育阶段肠道菌群多样性不同,还揭示了大黄鱼的核心菌群,为大黄鱼肠道菌群的调控和人工饲料的开发提供了新的思路。