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通过设计mtDNA-II基因序列扩增的引物，运用DNA提取、PCR技术、克隆培养、产物纯化和测序的方法，获得了尾突臂尾轮虫以及盖氏晶囊轮虫的mtDNA-II环上的基因组序列。 尾突臂尾轮虫mtDNA-II环总长12200bp，包含8个编码蛋白质的基因，6个tRNA基因以及一段约4.7 kb的非编码区。尾突臂尾轮虫有6个基因的起始密码子是ATG(COI、NAD6、NAD4L、NAD5、COII和NAD3)，另外的2个是ATA为起始密码子(NAD4和COIII)。mtDNA-II环的A+T的含量为74％。 盖氏晶囊轮虫mtDNA-II环总长15081bp，包含8个编码蛋白质的基因，9个tRNA基因以及一段约7.5 kb的非编码区。8个编码蛋白质的基因中有6个起始密码子是ATG(COI、NAD6、NAD4L、NAD4、COIII和NAD3)，另外的2个是ATA为起始密码子(NAD5和COII)。mtDNA-II环的A+T的含量为70.4％。 依据这两种轮虫，结合Genbank和实验室研究中的其他11种轮形动物线粒体上的6种基因(COI、COII、COIII、NAD3、NAD5和NAD6)，利用Clustal X和Mega等软件进行序列的比对和分析，以线形动物门的猪蛔虫为外群建立了系统树，对轮形动物门的13种动物的系统发生关系进行了探讨。