在近几年应急处置传染性非典型肺炎(SARS)、禽流感、“5.12汶川大地震”灾后防病等突发公共卫生事件的工作中,暴露出我国疾病预防控制公共职能缺位、工作效率低下等众多问题,我国疾病预防控制体系建设任重道远。加强对疾病预防控制工作及其相关工作机构的绩效考核,是科学评价疾病预防控制工作落实程度,不断改进和提高服务质量与服务水平,推动疾病预防控制体系建设的重要手段。但是,由于疾病预防控制的复杂性、专业性与广泛性,不论在实践还是在理论研究中,都很少关注应该如何客观评估疾病预防控制机构乃至体系的工作绩效,尤其对于疾病预防控制机构内部的绩效考核或绩效管理,几乎还是一片空白。本文以CD疾控中心为研究对象,对CD疾控中心绩效管理现状进行分析,指出CD疾控中心存在人力资源管理体系不健全、科室与岗位的设计不规范、责权不清晰,绩效管理体系缺失等问题。基于绩效管理相关理论与疾病预防控制系统绩效考核相关文件,运用资料调研、文献研究、问卷调查、专家访谈、案例研究、层次分析法等方法,通过分析CD疾控中心的战略发展目标、绩效管理现状等,构建了一套既符合卫生部要求的疾病预防控制机构绩效考核相关标准,又符合CD疾控中心战略发展目标的绩效管理体系。本文重点讨论了工作分析、绩效考核指标体系设计、绩效考核主体与考核周期确定、绩效管理工作流程设计等绩效管理体系设计的几项关键环节。CD疾控中心目前是全国疾病预防控制机构开展绩效考核工作的试点单位,因此,本文绩效管理体系的研究设计结果,对其它疾病预防控制机构开展绩效考核与管理工作有指导与借鉴意义,以期促进我国疾病预防控制体系绩效管理工作的推进;在理论上,本文还有助于绩效考核与管理在疾病预防控制领域的进一步研究与发展。