近年来,随着人们对福利养殖的关注,交叉喙这一畸形性状引起了人们的重视,而通过传统选育无法将这一表型完全淘汰。本研究以惠阳胡须鸡交叉喙表型为出发点,分别从形态学、候选基因、基因组学3个方面,多层次多角度对交叉喙表型形成的原因进行研究。首先通过解剖及测量交叉喙鸡面部表型的相关指标来分析成因,然后检测了骨形态发生蛋白4（Bone morphogenetic protein 4,BMP4）在不同严重程度的8块不同的颅面骨中的表达水平,最后采用全基因组重测序技术以获得与交叉喙表型相关的候选基因。对惠阳胡须鸡表型的形成机制进行探讨,结果如下:1.鸡交叉喙形态学的研究。通过形态学的分类,交叉喙被分为了五种主要的类型:左上交叉喙、左下交叉喙、右上交叉喙、右下交叉喙、十字交叉喙。其中,五种亚型的发生与性别无关,左交叉和右交叉的发生率差异不显著,但均显著高于十字交叉喙的发生率。此外,交叉喙鸡眼眶周围的骨骼也存在畸变。2.BMP4基因在颅面部骨骼的表达。BMP4在交叉喙鸡的顶骨、额骨、泪骨、下颌骨和颌前骨中显著高表达,而在鼻甲骨、鼻骨和枕骨中表达差异不显著。在不同严重程度的交叉喙鸡中,BMP4的表达量随着交叉角度的增加而相应增加。3.交叉喙的全基因组重测序分析。通过重测序分析正常胡须鸡与交叉喙胡须鸡在全基因组水平上的差异,平均检测到了5714190个SNP位点,通过筛选三种不同程度的交叉喙鸡特有的变异位点,共注释了27个基因。GO富集分析显示,这些基因主要与细胞-细胞黏附、支持细胞发育、膜的组成成分等生物过程有关。而KEGG通路富集分析显示,有5个基因富集在CAMs通路上。最后通过PPI网络分析获得10个与交叉喙性状相关的重要候选基因:CDH11、CTNNAL1、NRXN3、PCDH18、ALDH8A1、CDH5、DOCK4、FSHR、NRXN1、SDC3,其中CDH11是核心关键基因;综合GO富集分析、KEGG通路富集分析与PPI网络分析的结果,初步确定了细胞-细胞黏附通路可作为交叉喙形成机制中的关键调控通路。综上所述,通过对惠阳胡须鸡交叉喙表型与分子机制进行研究,构建了普遍适用的方法来对交叉喙进行分类。荧光定量实验提示BMP4在交叉喙发育中的具有重要的调控作用。全基因组重测序结果表明细胞-细胞黏附通路是交叉喙形成机制中的关键调控通路,CDH11等可以作为调控交叉喙形成的新的候选基因。