水稻是重要的粮食作物,世界上超过半数的人口以大米为主食。而稻瘟病是我国水稻的“三大病害”之一,在世界的各个稻区每年都有不同程度的发生。目前生产上利用抗病品种是最有效、经济的办法,但是稻瘟病菌的群体结构变异比较复杂,抗性品种一般只能维持2-3年。因此研究稻瘟病菌的群体结构和变异动态,掌握其变化规律,并寻找对应的抗病基因是目前水稻生产上迫切需要解决的问题之一。中国是种植水稻最古老的国家之一,也是唯一大量种植籼稻和粳稻两个亚种的国家。籼稻和粳稻具有很多不同的形态和生理特点,以及相对独立的地理分布。为了研究籼、粳稻区的稻瘟病菌是否在遗传结构上也存在差异,我们搜集了来自我国10个水稻栽培省份或地区的57份稻瘟病菌株,并通过Pot2-Rep-PCR进行DNA指纹图谱分析。指纹图谱的聚类分析结果显示,以78%相似度区分,我们可以将所有的菌株分成15个谱系,其中2个谱系中的菌株全部来源于粳稻区,13个谱系中的菌株全部来源于籼稻区。籼稻与粳稻来源的稻瘟病菌分布在不同的谱系中,表明籼、粳来源的菌株具有明显的遗传分化。指纹图谱结果还显示粳稻区的稻瘟病菌结构比较简单,籼稻区来源的稻瘟病菌遗传结构更加复杂,一些来源于相同省份的菌株分布在各个不同的分支中,我们认为这可能是由于南方较潮湿的气候更适宜稻瘟病菌生长,从而导致南方籼稻区的稻瘟病菌遗传多样性更高。根据对病原菌进行指纹图谱分析的结果,我们挑选了遗传差异较大的29份菌株,对一个水稻双单倍体(Double Haploid,DH)群体的两个亲本籼稻窄叶青8(ZYQ8)和粳稻京系17(JX17)进行了致病性检测。结果显示12份稻瘟病菌株在两个亲本中有明显的致病性差异,其中ZYQ8抗、JX17感的有9份菌株(源于籼稻区的6份,源于粳稻区的3份);ZYQ8感、JX17抗的有3份菌株,均来源于籼稻区。抗性检测结果表明籼稻ZYQ8对稻瘟病菌的抗性要好于粳稻JX17,但是粳稻JX17中也含有籼稻ZYQ8所不具备的抗性位点。该结果为下一步利用这12份差异菌株在DH群体中筛选对应的抗稻瘟病基因奠定了基础。