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繁育系统作为植物种群最基本的一个特征参数,能够控制基因在相邻世代间的传递和交流,因而对植物种群的遗传结构产生了极大影响。种群的遗传结构不仅包含遗传变异水平的高低,还包括遗传变异的分布状况。太子参是典型的二态繁育系统植物,不仅有以吸引传粉者的开放花(CH花),也有以自交为主的闭花受精花(CL花)。对于这种二态繁育系统的植物其种群遗传结构我们知之甚少。本研究通过对辽宁省丹东市的黑沟、老虎沟及金山3个地区的太子参共3个种群进行不同年际间(1龄生、2龄生和3龄生)取样,利用RAPD分子标记技术来研究其种群的遗传结构和多样性,探究其与二态繁育系统的关系,以提出二态CH/CL植物在种群中得以维持和发展的重要机制。结果如下：利用8个RAPD随机引物对1龄、2龄和3龄生太子参共3个种群164个个体扩增,所得条带矩阵经过POPGENE32软件得出：在物种水平上,1龄、2龄和3龄太子参的多态位点百分比(P)值分别为：87.93%、98.41%和78.18%,Nei’s基因多样性(h)值分别为：0.3078、0.3731和0.3142,香农多态信息指数(Ⅰ)值分别为：0.4619、0.5511和0.4587,由此可见,不同龄级的太子参在物种水平上展现出了非常丰富的遗传多样性；但从居群水平看,其Nei’s基因多样性(h)值分别为：0.1616、0.1748和0.1218,香农多态信息指数(Ⅰ)值分别为：0.2362、0.2579和0.1772,各龄级太子参在居群水平上的遗传丰富度并不高；从遗传分化上看,1龄、2龄以及3龄的Gst值分别为：0.5294、0.5286和0.6137,说明各龄级太子参的遗传变异主要发生在居群间,居群内的遗传变异略小,并且各遗传分化系数远高于混交植物的分化值(Gst=0.216),而更趋近于自交植物的遗传分化值(Gst=0.510)；太子参各龄级(1龄～3龄)的基因流Nm值分别为：0.4445、0.4460和0.3147,明显低于混交植物的基因流值(Nm=2.99),却与自交植物的基因流值(Nm=0.43)尤为相近。以上结果均表明：二态(CH/CL)植物太子参的繁育系统对居群的遗传结构有很大影响,闭锁花(CL花)相较开放花(CH花)能够产生大量种子是导致太子参的繁育方式更趋向于自交植物的繁育方式的主要原因,另外,太子参还可利用其地下肉质根进行克隆繁殖或称营养繁殖,这样就使得太子参的遗传分化值更趋近于自交植物。而闭锁花(CL花)产生如此多的种子与当地的气候因素有很大关系。