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由于很容易捕获到配置比特流并进行复制，因此，FPGA设计很难防范设计窃取。对于窃取知识产权（IP）而言，从比特流中提取出IP几乎不可能，但是却能从FPGA中克隆整个设计。为了保护配置比特流，有的FPGA现在能够对比特流进行加密。然而，对于不具备通过嵌入式比特流加密手段来加密配置比特流的FPGA而言，需要在生产过程中增加步骤对FPGA中的密钥进行编程，因此提高了成本。