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居住在高海拔地区的动物为了适应高原极端环境,进化出一些典型的生理特征,例如较大的心脏输出、心脏以及肺脏占据全身更大的比重。近年来许多的研究从生理以及遗传的角度解释了高原动物的高海拔适应性机制,但是转录组层面的研究依旧较少。研究表明基因间长链非编码RNA(lincRNA)在一些生物学过程中具有重要的功能,但截至目前关于lincRNA如何在动物适应高原的过程中调控基因表达以及其作用机制的研究较少,特别是在高海拔适应性中的多物种多组织的lincRNA比较研究更是一片空白。为了研究高海拔的适应机制,本研究利用转录组测序手段获得了藏绵羊、藏猪、藏鸡、牦牛这四种高海拔及其低海拔相关动物群体的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、骨骼肌组织的转录组数据,探索了其在高海拔适应过程中lincRNA参与机制的相似性,主要研究结果如下:(1)本试验总共测定了144个样本的转录组数据,分别在绵羊、鸡、牛、猪中鉴定发现了5197、4395、4802、3364个lincRNA。序列以及表达特征的分析结果显示,与编码蛋白基因相比,lincRNA表达水平低、组织特异性高、可变剪切数目和外显子数目较少。其中肾脏组织的表达丰度(FPKM)更高。(2)差异表达的结果显示,绵羊和牛中,大多数的lincRNA在高低海拔之间呈现差异表达,其次为鸡、猪。将鉴定得到的lincRNA根据组织、品种、个体进行相关性聚类分析,结果表明同一物种内组织对lincRNA的影响显著大于海拔。功能富集的结果显示,这些lincRNA广泛的参与了肝脏的脂质代谢、心脏的肌肉收缩、脾脏的免疫应答和炎症反应等生物学过程,其中牛的lincRNA BOSLINCTU17374可能与牛肝脏组织的脂质代谢有关。(3)保守性分析结果显示,与蛋白编码序列相比保守的lincRNA序列的启动子区域具有更高的重复元件覆盖比率。几个物种之间的lincRNA序列比对结果显示,与其他两个偶蹄目物种(牛、羊)相比,鸡的保守性lincRNA相关性低、比对数目更少、序列更短。(4)保守性的lincRNA功能富集结果显示,保守性的lincRNA可能通过参与心脏肌肉收缩以及肝脏脂质代谢过程以调控物种对于不同海拔的适应,同源lincRNA与肾脏发育也有关联。同时一些保守的关键lincRNA可能再心脏和肝脏组织中参与了心肌收缩和脂质代谢过程,从而适应高海拔环境。lincRNA SUSLINCTU19187和BOSLINCTU21058在三个偶蹄目物种中保守,它们可能分别具有调控肌肉收缩和脂质代谢的功能。