福建与台湾一水之隔,独特的地缘和文缘关系为闽台农业推行先行先试的合作模式提供了条件。本论文将两岸农业产业合作交流置于海峡西岸经济区建设的大背景下进行研究,着眼于两岸关系积极变化了的现状,以及闽台之间的历史、文化、自然的相似性,和产业机构以及农业发展的互补性。近三十年来,闽台之间的农业合作与交流历程大致可分为“摸索阶段”、“发展阶段”、“深化阶段”、“后WTO”和“台湾2008选举后”等五个阶段;经历了一个从民间自发到政府主导、从小额贸易到规模经营的渐进演变的过程。参与交易的双方,在政济、自然等外部条件的约束下,在追求效用最大化的动机的驱动下,逐渐形成了一套有效的合作交流模式。30年来尤其是新世纪以来,闽台农业合作与交流成绩很大,但毋庸讳言,也存在着一些障碍和难点。台湾当局从市场保护主义和技术保护主义的立场出发,对两岸农业合作采取了诸多不合理的限制。台民进党当局的“台独”意识,已经成为阻挠两岸产业合作进而大大增加了闽台农业交易成本的僵化的“意识形态”。2001年11月海峡两岸相继加入WTO,这对两岸的农业生产结构、资源结构、品质结构、市场结构等产生了一系列深刻影响。如果说WTO为闽台农业合作提供了外部助力的话,那么CEPA的实施,则有利于通过区域一体化的途径,建立起更紧密的闽台农业合作模式,以应对WTO自由贸易的挑战。闽台农业合作与交流是促进海峡西岸现代农业发展最有效的途径,是海峡西岸现代农业建设最重要的内容之一,是海峡西岸经济区建设不可或缺的部分。