2019年中央经济工作会议明确提出我国2020年将继续“加快金融体制改革,完善资本市场基础制度”,“稳步推进创业板和新三板改革”。由此可见我国资本市场改革的聚焦点落在了新三板和创业板。我国新三板和创业板市场的成立,皆是为科创型中小企业提供高效的融资服务。同时,虽然两市场面临着一样的税收机制、处于相同的政治环境之下,但新三板和创业板企业流动性差距明显。而一市场股票的流动性水平是否影响股票价格,涉及了股票流动性溢价问题。鉴于新三板做市股票和创业板股票以上相似特点,本文将分别对新三板做市市股票和创业板股票是否具有流动性溢价效应进行检验和比较研究,对投资者投资决策和调节市场流动性均具有一定意义。本文先对流动性溢价理论的国内外研究现状进行梳理,分析现有研究成果存在的问题及不足。然后,依据流动性溢价理论对我国新三板和创业板运行现状进行初步分析,并给出流动性综合度量指标ILLIQ。实证部分选择样本区间为2016-2019年,样本股为符合一定筛选条件的新三板做市指数成份股、创业板成指成份股,在变量数据通过面板单位根检验后,构建非平衡面板模型进行新三板做市股票和创业板股票在每个单独年份和全样本期间内流动性溢价存在性检验;然后利用PVAR模型继续进行实证分析,在PVAR回归模型通过模型稳定性检验和格兰杰检验之后,得出脉冲响应图和方差分解结果,以探究变量及其滞后项间动态影响关系。本文实证结果显示,我国新三板做市股票在2016-2019年全样本期间以及每个独立年份内均存在显著的流动性溢价、规模溢价;仅在2018年和全样本期间存在价值溢价;市场存在正反馈交易行为;个股预期收益率、非流动性比率互为格兰杰原因。我国创业板股票仅在2016年、2017年存在流动性溢价;仅在2019年开始出现规模溢价;样本期间内始终不存在价值溢价;市场同样存在正反馈交易行为;个股非流动性比率是预期收益率的单向格兰杰原因。结合本文实证结论,建议企业提高信息披露程度和质量以提高新三板市场透明度,减少信息不对称;建议政府扩充机构类投资者数量和类型,以改善投资者结构,减少创业板市场投机行为,增强市场有效性。