目的：
　　探究吸烟是否会影响肺鳞癌（LungSquamousCellCarcinoma）患者机体内基因表达状况，探究其基因表达差异，确定表达差异基因参与的生物学功能和信号通路；通过探讨吸烟与DNA甲基化以及基因表达之间的相关性，得出其对肺鳞癌的影响。
　　分析方法：
　　本次研究从TCGA（TheCancerGenomeAtlas，癌症基因组图谱数据库）数据库收集肺鳞癌的数据，其中临床样本信息共504例，甲基化数据共371例，RNA-seq数据共502例。采用数据挖掘技术，包括PCA（PrincipalComponentsAnalysis，主成分分析），GO_BP（GeneOntology_BiologicalProcess,基因本体_生物学过程），KEGG富集分析（KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes，京都基因与基因组百科全书），ChAMP（ChipAnalysisMethylationPipeline，芯片分析甲基化），Limma差异分析，DAVID（TheDatabaseforAnnotation,VisualizationandIntegratedDiscovery，DAVID生物信息数据库）等方法。RNA-seq数据中，FPKM值作为衡量基因表达水平高低的指标，甲基化数据中，beta值作为衡量基因甲基化水平高低的指标。选取的每个样本均有完整的临床信息，包含患者吸烟量。
　　分析结果：
　　1，在对TCGA样本进行PCA分析后，发现吸烟组和非吸烟组无法分开。
　　2，对RNA-seq的吸烟组和非吸烟组进行limma差异分析，得到1210个差异基因，其中799个为吸烟组相对非吸烟组的上调基因，411为下调基因。
　　3，使用GO_BP对上调基因和下调基因进行功能富集分析，其中炎症反应，树突细胞趋化作用，免疫反应，胞质钙离子浓度的正调节，G蛋白偶联受体信号通路和趋药性6个生物学功能为上调差异基因的主要功能。而蛋白泛素化和核小体装配为主要下调差异基因的富集途径。
　　4，使用KEGG对上调基因进行功能富集，其中，细胞因子间受体相互作用，趋化因子信号途径，rap信号途径，神经刺激性配体受体相互作用为主要上调差异基因的富集途径。
　　5，对甲基化数据样本进行聚类分析和甲基化beta值分布分析，结果显示出明显差异。
　　6，对TCGA甲基化样本进行PCA分析，发现吸烟组和非吸烟组无法分开。
　　7，对甲基化数据进行circos图分析，得到甲基化岛大部分都分布在X染色体上，受到影响的基因也大部分为X染色体上的基因，受到影响的基因一共有87个。
　　8，对吸烟组和非吸烟组的甲基化和表达数据进行综合分析，得到30个反向相关的基因，并利用VarElect数据库比对，得到XIAP，SYP，HSPA1A，AIFM1，PGK1，ELK1，TSPAN7，FOXL2，PQBP1，NDUFA1为十个与肺癌相关度最大的基因，其中XIAP，SYP，HSPA1A，AIFM1四个基因分值最高。
　　结论:
　　1，从遗传学的角度，吸烟会影响人体内基因的表达，从而影响机体内的新陈代谢及稳态。
　　2，从表观遗传学角度，吸烟会通过影响相关基因的DNA甲基化状态而影响基因的活化与失活，从而对肺鳞癌的发生发展产生不可忽视的影响。
　　3，DNA甲基化状态可能与性别直接相关，这可能与男性吸烟率明显大于女性有关。
　　4，肺鳞癌与吸烟关系密切，戒烟将会大大降低罹患肺鳞癌的风险。
　　5，去甲基化将成为未来肺鳞癌的治疗方案，其中，XIAP，SYP，HSPA1A，AIFM1这四个基因将有可能成为治疗的有效靶点。